在已知化合物中約80%的化合物是親水性強(qiáng)、揮發(fā)性低的有機(jī)物，熱不穩(wěn)定化合物及生物大分子，這些化合物的分析蕞適合于液相色譜，當(dāng)然毛細(xì)管電泳也可以，只不過毛細(xì)管電泳的毛細(xì)管中無填料，因此“變數(shù)”較少，適應(yīng)的復(fù)雜體系也較少，遠(yuǎn)不及液相色譜使用得廣泛。當(dāng)和質(zhì)譜聯(lián)用時(shí)，液相色譜的流動(dòng)相適合于流入質(zhì)譜，LC-MS成為該類化合物質(zhì)譜聯(lián)用分析的主流；毛細(xì)管電泳的流動(dòng)相中常加入緩沖鹽，對(duì)于質(zhì)譜不太友好，此外還需考慮毛細(xì)管出口端維持電泳的電流通路同時(shí)又可以進(jìn)行電噴霧，由于“變數(shù)”少，接口較困難，因此CE-MS一直沒有LC-MS應(yīng)用得廣泛。

液相色譜的構(gòu)造分為5大部分：進(jìn)樣部分（手動(dòng)進(jìn)樣或自動(dòng)進(jìn)樣），驅(qū)動(dòng)液體流動(dòng)的色譜泵，主導(dǎo)分離的色譜柱（有些配柱溫箱），檢測(cè)器、數(shù)據(jù)采集和分析系統(tǒng)。當(dāng)同質(zhì)譜聯(lián)用時(shí)，質(zhì)譜成為液相色譜的檢測(cè)器，而為了同步數(shù)據(jù)采集及分析，色譜廠商通常開放接口，讓質(zhì)譜廠商的軟件來控制液相色譜的進(jìn)樣和分離，數(shù)據(jù)分析也交給質(zhì)譜廠商。

液相色譜結(jié)構(gòu)圖

在LC-MS聯(lián)用時(shí)，通常在色譜柱前端加裝短的保護(hù)柱來延長(zhǎng)色譜柱壽命。若固定相使用未經(jīng)修飾的氧化硅顆粒或修飾其它高極性物質(zhì)，如氨基或氰基，則成為正相色譜，適合分析極性較強(qiáng)的分析物，洗脫時(shí)可通過調(diào)配極性差異大的兩種流動(dòng)相溶液（如水和乙腈）比例，而得到適當(dāng)極性的單一流動(dòng)相溶液進(jìn)行等度洗脫。在復(fù)雜樣品中，若要獲得更好的分離度，可以使用極性差異大的兩種流動(dòng)相溶液（如水和乙腈）進(jìn)行梯度洗脫。若固定相為經(jīng)過C18、C8或苯基柱，則稱為反相色譜，適合分析低極性的化合物，亦可以進(jìn)行等度或梯度洗脫。

在分析級(jí)液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用中，大都使用內(nèi)徑2.1mm或1mm的色譜柱，其流動(dòng)相流速分別為約200~300 μL/min和50~75μL/min，有些情況下可使用4.6mm的色譜柱，其流動(dòng)相流速為1mL/min，這時(shí)一般會(huì)在進(jìn)入質(zhì)譜前進(jìn)行分流，讓少部分進(jìn)入質(zhì)譜，而大部分分流后可進(jìn)行回收。

超高效液相色譜分離時(shí)，固定相顆粒從5μm降至3μm與1.7μm以下，這時(shí)分離效率更高，但同時(shí)需要超高壓液相泵（>400 bar或>6000psi），這時(shí)分離時(shí)間縮短到數(shù)分鐘內(nèi)且不損失分離效能。在超高效液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用時(shí)，其色譜峰底寬約在數(shù)秒內(nèi)，因此在質(zhì)譜方法設(shè)定上，需適當(dāng)調(diào)整掃描速度以獲得足夠質(zhì)譜圖數(shù)，從而完整描繪色譜峰。

納升級(jí)流速LC-MS常用于蛋白質(zhì)組學(xué)等復(fù)雜微量樣品的分析。降低柱內(nèi)徑可以得到較低的死體積，同時(shí)柱效大幅提高。例如，若原本用2.1mm的色譜柱分析樣品，當(dāng)轉(zhuǎn)換至使用內(nèi)徑75μm毛細(xì)管柱且注入相同樣品濃度時(shí)，理論上樣品峰濃度將會(huì)增加至約784倍。因此使用毛細(xì)管色譜柱對(duì)于電噴霧質(zhì)譜儀（濃度靈敏檢測(cè)器）的信號(hào)提升將非常顯著。此時(shí)，達(dá)到較佳理論塔板數(shù)的Zui佳流速約為255 nL/min，理想進(jìn)樣體積約24nL，這時(shí)需要更細(xì)微的注射器，不易實(shí)現(xiàn)。目前普遍的做法是，利用柱前端在線預(yù)濃縮方式，將微升級(jí)的樣品體積濃縮在色譜柱的zui前端以縮小樣品體積。另一方面，由于樣品承載量減少，超載的樣品量容易造成柱分離效率降低。為解決此問題，可在色譜分離柱的前端加入一個(gè)捕集柱（Trap Column），捕集柱的功能包含了樣品預(yù)濃縮與去除過多的樣品量。為匹配納升級(jí)流速，一般需要納升電噴霧接口。商品化的納升級(jí)流速LC-MS構(gòu)建上，常使用一個(gè)六通閥連接捕集柱與分離柱，在捕集柱進(jìn)行預(yù)濃縮時(shí)同時(shí)去除大部分樣品中的鹽類，濃縮后洗脫樣品到分離柱進(jìn)行樣品分離。